作物长不好的原因是作物的根不好，作物的根不好是因为土不好，土不好是因为土壤里缺乏大量的有益微生物菌，所以解决当前土壤生态质量和作物产量的当务之急是在土壤中使用优质微生物菌剂。
要使土壤恢复健康，应先知道土壤健康的标准是什么？土壤的组成是固相、液相、气相三类物质，主要包括矿物质、有机质、水分、空气和微生物。土壤中这三类物质互相联系、互相制约，是具有一定结构的有机整体。 因此，土壤健康的标准也由这三类物质进行界定：健康的土壤中包括45%左右的矿物质、25%左右的空气、25%左右的水、5%左右的有机质和1%左右的微生物。
中央电视台播出了《被化肥“喂瘦”了的耕地》专题调查后，再次指出了由于长期使用化学肥料，我国的土壤已经不再“健康”，土壤性状恶化、 土地板结、土壤酸化、盐渍化、土壤微生物多样性被破坏等问题越来越突出，并直接导致了土壤贫瘠、地力衰竭等影响农业可持续发展。
微生物菌肥是根据土壤微生态学原理、植物营养学原理、以及现代“有机农业”的基本概念而研制出来的。微生物菌肥是以微生物的生命活动导致作物得到特定肥料效应的一种制品，是农业生产中使用肥料的一种。
正确施用微生物菌肥，能降低化肥用量、降低生产成本、改良土壤结构、消除土壤板结、改善作物品质、提高商品率，显著提高经济效益，是绿色食品理想的生产资料。
一、减少化肥用量高达30%-60%
微生物菌剂经再增殖后含有大量的固氮菌，可以提高土壤中的氮元素含量，减少氮肥施用量；微生物菌剂同时含有有益微生物菌，增加土壤有机质，加速有机质降解转化为作物能吸收的营养物质，提高土壤肥力，减少化肥用量。
二、增产效果明显
高达20%-60%，视作物不同。改善作物和农产品的品质，使农民增收。
三、重构健康的土壤，提高作物抵抗病虫害
a、改良土壤板结，激发土壤活力，提供额外的天然植物生长的激素和抗生素。
b、抑制土壤中的真菌和线虫及植物根部病虫害，从根本上减少了农药的使用量。
四、促进植物生长发育，提高抗逆能力
多生根、保花、保果。防治早衰，抗重荐、、抗倒伏、抗旱、抗寒。
五、无毒、无害、无污染
用于生产无公害、环保、绿色有机农作物。
微生物肥料还有一些其它肥料没有的特殊作用：
一、提高化肥利用率的作用。
随着化肥的大量使用，其利用率不断降低已是众所周知的事实。这说明，仅靠大量增施化肥来提高作物产量是有限的，更何况还有污染环境等一系列的问题。为此各国科学家一直在努力探索提高化肥利用率达到平衡施肥、合理施肥以克服其弊端的途径。微生物肥料在解决这方面问题上有独到的作用。所以，根据我国作物种类和土壤条件，采用微生物肥料与化肥配合施用，既能保证增产，又减少了化肥使用量，降低成本，同时还能改善土壤及作物品质，减少污染。
二、在绿色食品生产中的作用
随着人民生活水平的不断提高，尤其是人们对生活质量提高的要求，国内外都在积极发展绿色农业（生态有机农业）来生产安全、无公害的绿色食品。生产绿色食品过程中要求不用或尽量少用（或限量使用）化学肥料、化学农药和其它化学物质。它要求肥料必须首先保护和促进施用对象生长和提高品质；其次不造成施用对象产生和积累有害物质；三是对生态环境无不良影响。微生物肥料基本符合以上三原则。近年来，我国已用具有特殊功能的菌种制成多种微生物肥料，不但能缓和或减少农产品污染，而且能够改善农产品的品质。
三、微生物肥料在环保中的作用
利用微生物的特定功能分解发酵城市生活垃圾及农牧业废弃物而制成微生物肥料是一条经济可行的有效途径。目前已应用的主要是两种方法，一是将大量的城市生活垃圾作为原料经处理由工厂直接加工成微生物有机复合肥料；二是工厂生产特制微生物肥料（菌种剂）供应于堆肥厂（场），再对各种农牧业物料进行堆制，以加快其发酵过程，缩短堆肥的周期，同时还提高堆肥质量及成熟度。另外还有将微生物肥料作为土壤净化剂使用。
四、改良土壤作用
微生物肥料中有益微生物能产生糖类物质，占土壤有机质的0.1%，与植物粘液，矿物胚体和有机胶体结合在一起，可以改善土壤团粒结构，增强土壤的物理性能和减少土壤颗粒的损失，在一定的条件下，还能参与腐殖质形成。所以施用微生物肥料能改善土壤物理性状，有利于提高土壤肥力。
